De excentrieke miljardair Igor Kasperov is eigenaar van een van de invloedrijkste en succesvolste antivirussoftwarebedrijven ter wereld. Maar als het Kremlin hem beveelt een catastrofaal computervirus los te laten in de Verenigde Staten, is hij gedwongen te vluchten voor zijn leven.

Sam Fisher en zijn Vierde Echelon-eenheid, een geheime militaire organisatie die zich alleen hoeft te verantwoorden tegenover de Amerikaanse president, wordt opgeroepen om Kasperov te vinden en hem namens de president politiek asiel aan te bieden. Een race tegen de klok, want Sam komt er al snel achter dat er meerdere organisaties op zoek zijn naar de Rus. En het enige wat zij Kasperov te bieden hebben is een snelle dood.