Binnen de CIA bestaat een geheime afdeling die rechtstreeks onder bevel van de president staat en alleen wordt ingezet als alle andere kanalen ontoereikend zijn gebleken. De leidinggevende van deze afdeling is kolonel Jon Smith. De codenaam voor deze eenheid is Covert One. In Oeganda wordt een Special Forces-team kansloos verslagen door een groep boeren. Op videobeelden is te zien dat zij onnatuurlijk snel en sterk zijn, ongevoelig lijken voor pijn en geen angst kennen. Aan kolonel Jon Smith van Covert One de taak het incident te onderzoeken. Smith ontdekt al snel dat de groep opzettelijk geïnfecteerd is met een gemuteerde parasiet, een nieuw biologisch wapen. Ook blijkt dat er binnen de CIA smerige spelletjes worden gespeeld. Als de directeur van de Iraanse geheime dienst in Oeganda opduikt en wel heel veel interesse in de levensbedreigende parasiet toont, lopen Smith en zijn team een race tegen de klok om de wereld van de ondergang te redden.